Profilschnitte durch die Sedimente der Seeufersiedlungen sind meist hell-dunkel gestreift. Die hellen Seekreideschichten sind natürliche Kalkausfällungen. Sie wurden unter Wasser gebildet, als die Stelle unbesiedelt war. Die dunklen Schichten bestehen zu einem erheblichen Teil aus dem Abfall der Siedlungen. Dieses organische Material – die Besonderheit der Pfahlbauten – bleibt nur erhalten, wenn es rasch von natürlichem Sediment zugedeckt wird.
Die Überlieferung von Pfahlbaufundstellen setzt besondere Umstände voraus: Die Sedimente müssen immer wassergesättigt bleiben, sonst dringt Sauerstoff ein und Mikroben zersetzen die organischen Funde. Schon kleine Störungen der Fundstellen gefährden diese. Unmittelbare Bedrohung geht von direkten baulichen Eingriffen aus, aber auch Eingriffe in der Umgebung oder am Rand können die über Tausende von Jahren unversehrt gebliebenen Schichten in kurzer Zeit zerstören. Besonders gefährlich sind Wellen und Strömungen von Booten oder schleifende Bojenketten und Anker.